perl 是一种功能强大的编程语言,适用于超过 100 种计算机平台,从大型机到便携设备,从快速原型到大规模可扩展开发。perl 在生物信息学领域主要用于数据预处理、文本处理和格式转换、开发对算法效率要求不高的分析软件、系统管理和 pipeline 搭建。本文将详细介绍在 linux(主要是 centos)和 windows 环境下安装 perl 的步骤。
一、在 CentOS 7 上安装 Perl
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下载源码包 在 Perl 官方网站(https://www.php.cn/link/16228b5e1674c79bce66f686777a9b59 perl-5.26.1.tar.gz。
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解压并配置源码 解压源码包,并使用以下命令配置:
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编译和安装 使用以下命令进行编译和安装:
如果在编译过程中遇到错误,如下所示:
请参考 “Make error when compiling Perl 5.12.1 (RHEL 5.5)”,执行以下操作:
然后继续验证编译并执行安装:
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调整环境变量 在 ~/.bashrc 文件中添加 Perl 到 PATH 环境变量中,然后刷新:
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验证安装 安装完成后,使用以下命令验证 Perl 的版本:
查看 Perl 配置汇总信息:
二、在 Windows 7 上安装 Perl
在 Windows 环境下,我们建议使用 ActivePerl 进行安装,具体步骤如下:
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下载安装包 从 ActivePerl 网站(https://www.php.cn/link/e4825224ef50eac17bcdf3576f66784e 64 位的 Perl-5.26.3 安装包。
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安装和配置 下载 ActivePerl-5.26.3.2603-MSWin32-x64-a95bce075.exe 后,点击安装。选择自定义安装,设置安装路径,并勾选将 Perl 添加到系统环境变量。
安装完成后,在命令行中输入
查看详细信息。
如果未勾选将 Perl 添加到系统环境变量,命令行中执行
会出现 “‘perl’ is not recognized as an internal or external command” 提示。这时需要手动将 Perl 添加到 Windows 的系统环境变量中。
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配置 CPAN 为了更好地扩展 Perl 并方便安装模块,我们需要配置 CPAN。ActivePerl 会自动在初始化 CPAN 时安装 dmake、gcc、g++、mingw32-make 等常用 Windows 编译工具到
目录下,免去了手动安装这些编译器的麻烦。
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安装完成 至此,Windows 下的 ActivePerl(perl-5.26)安装完成!